У крошечного рачка геном маленький, но очень необычный. У него много генов, которые отвечают на состояние окружающей среды. Ученые полагают, что из дафнии можно сделать генный сенсор на загрязнения.
статья в Science. С одной стороны, у дафнии очень маленький геном – его размер составляет всего 200 Мб (200 миллионов пар оснований). С другой стороны, он содержит очень много генов – ученые насчитали почти 31 тысячу. Для сравнения, геном человека размером около 3 миллиардов пар оснований содержит, по разным оценкам, от 23 до 28 тысяч генов.
Геном миниатюрного пресноводного рачка дафнии (Daphnia pulex), секвенированием и анализом которого занималась большая международная команда, преподнес исследователям несколько сюрпризов. Им посвященаМеждународный консорциум по расшифровке генома дафнии (Daphnia Genomics Consortium) возглавили Центр геномики и биоинформатики Университета штата Индиана в Блумингтоне (Indiana University Bloomington) и Объединенный институт генома Министерства энергетики (Department of Energy's Joint Genome Institute, DOE JGI) в Калифорнии. С проектом можно ознакомиться на сайте.
«У дафнии оказалось больше генов, чем у человека, и больше, чем у любого животного, геном которых прочитан на сегодняшний день», — говорит Игорь Григорьев, руководитель группы генома эукариот DOE JGI. Анализируя результаты, ученые поняли, в чем причина такого несоответствия между размером ДНК и числом генов. «У дафнии так много генов, потому что большая их часть представлена несколькими копиями, — объясняет Джон Колборн (John Colbourne), лидер проекта и директор геномного центра Университета штата Индиана. – Число копий генов у дафнии примерно втрое выше, чем у других беспозвоночных, и на 30% выше, чем у человека».
На примере дафнии ученые впервые увидели, что копии одного и того же гена изменяются и начинают выполнять разные функции. Исследователи предполагают, что сначала копии кодируют те же самые белки, что и оригиналы, но затем дубли довольно быстро мутируют и начинают производить другие белки.
Нашелся ответ и на вопрос, почему геном дафнии так компактен. Оказалось, у нее очень короткие интроны – части ДНК, не несущие информации о строении белка. Из ее генома словно выжато все лишнее.
Более трети кодирующих белки генов у дафнии уникальны — ученые до сих пор не находили таких генов в живых организмах. Большая часть новых генов оказалась связана с экологическими функциями – с приспособлением дафнии к окружающей среде.
Дафния интересна биологам тем, что она играет важную роль в пресноводных экосистемах. На ней держится пищевая цепочка, так как рачок служит кормом рыбам и другим организмам. Дафнии очень хорошо приспособлены к среде обитания и отвечают на изменения условий среды изменением своего метаболизма, поведения и цикла развития. Название рачок получил в честь древнегреческой нимфы Дафны – девственницы, так как в определенных условиях дафния переходит от полового размножения к клонированию женских особей.
Дафния – точный индикатор состояния окружающей среды. Если она чувствует себя плохо или начинает изменяться, налицо химическое загрязнение водоема. В лаборатории на основе дафний созданы тест-системы для определения уровня загрязнения воды.
Такие свойства делают дафнию перспективным модельным организмом в новой области – геномике среды (Environmental Genomics), считают ученые. На ней можно будет изучать, как гены взаимодействуют со средой. Она может стать не просто индикатором, но генным индикатором на загрязнения. Дафния – хороший сенсор, так как экспрессия многих ее генов изменяется в зависимости от состава окружающей среды. Поскольку женские особи, размножающиеся клонированием, содержат один и то же набор генов, помещая какие-то из них в воду с загрязнителем, а другие в чистую воду, можно получить генный ответ на этот загрязнитель.
Такой сенсор, как можно ожидать, найдет применение в экологии и медицине для охраны здоровья человека. Эти перспективы выглядят реальными, потому что из всех изученных беспозвоночных дафния разделяет с человеком больше всего генов.
Дафния — первое ракообразное, геном которого биологи секвенировали. Сравнение его с уже прочитанными геномами дрозофилы и медоносной пчелы позволит биологам проследить эволюцию членистоногих.
Источник: Infox.ru
Чтобы зафиксировать в массе зоопланктона перемещения отдельной особи, шведские экологи буквально подковали водяную блоху.
Биологи обычно не затрудняются с наблюдениями за миграцией животных. В этом им помогают разнообразные устройства — от радиодатчиков (которые можно прикрепить, допустим, на панцирь черепахи) до систем спутникового слежения.
А вот поведение самого массового «вида» животных, от которого, без преувеличения, зависит жизнь на Земле, остаётся для исследователей недостижимой областью. Мы говорим о зоопланктоне, который движется в толще воды и остаётся за пределами досягаемости современных технологий. Да, гидролокатор способен «вести» перемещения многомиллиардных масс микроскопических организмов, но как уследить за отдельной особью?
Статья экологов из Лундского университета, опубликованная в сетевом журнале PloS One, предлагает изящное решение — метод квантовых точек. Эти наночастицы, которые флуоресцируют при попадании на них света, прикрепляются к карапаксу водяной блохи (она же дафния, Daphnia magna). Всё! Остаётся лишь следить за передвижениями особи.
Впрочем, технология хоть и остроумна, но несовершенна. Чтобы квантовая точка засветилась, возбуждающий её источник должен быть поблизости — в нескольких дюймах, так что эксперимент выполним пока только в лабораторных масштабах. Имеет значение и чувствительность камеры, воспринимающей свечение квантовой точки, но в открытом водоёме дафния может уплыть из поля зрения камеры в течение нескольких часов. Наконец, во время линьки животное скидывает карапакс (вместе с квантовой точкой!), и происходит это раз в два дня.
И всё же предложенная шведами методика небезнадёжна. Квантовая точка позволяет биологам хотя бы ненамного, но приблизиться к вопросам, которые ранее даже не поднимались ввиду заведомой их неразрешимости. Как движутся эти микроорганизмы? Ищут ли они целенаправленно еду? Убегают ли от хищников?..
Узнав, как и зачем плавает отдельная особь, экологи смогут решить вопросы, связанные с поведением зоопланктонных масс в ответ на глобальные трансформации окружающей среды — например, изменения кислотности воды и температуры или попадание популяции под озоновую дыру. И нет нужды подробно объяснять, как тайны планктонных миграций помогут в изучении поведения наших старых и милых знакомых — рыб, птиц, морских черепах и белых мишек...
Источник: КОМПЬЮЛЕНТА
23-01-2014 Просмотров:9020 Новости Палеонтологии Антоненко Андрей
Знаменитые палеозойские членистоногие – трилобиты – обычно считаются типичными обитателями морского дна. Среди них известно несколько плававших форм, но в массе своей эти животные входили в состав бентосных сообществ. Однако...
24-10-2010 Просмотров:9813 Новости Зоологии Антоненко Андрей
Важный элемент, помогающий подстраивать под циркадный ритм различные ткани и органы, идентифицировали учёные из Северо-Западного (Northwestern) и Техасского (UT Southwestern) университетов. Детали новых опытов учёные изложили в статье...
03-10-2016 Просмотров:6020 Новости Палеонтологии Антоненко Андрей
Плотоядные динозавры-тероподы были крупнейшими наземными хищниками в истории Земли. Американские палеонтологи предложили неожиданную версию того, как тираннозавры, аллозавры и их не менее зубастые родственники достигли своих впечатляющих размеров. Головы разнообразных теропод...
24-02-2014 Просмотров:8287 Новости Палеонтологии Антоненко Андрей
Прояснить подробности возникновения резкого полового диморфизма у ластоногих (Pinnipedia) удалось аспиранту Карлтонского университета Томасу Каллену. Он убедительно показал, что большая разница в размерах самцов и самок возникла у этой группы...
11-11-2014 Просмотров:7139 Новости Геологии Антоненко Андрей
«10 ноября ученые отправились в третью экспедицию к воронке, им удалось взять пробы грунта и льда. Она находится в 4 км от газопровода и на значительном расстоянии от газовых месторождений. Деятельность человека никак не могла оказать влияния на образование...
Давно известно, что РНК в клетке не просто служит посредником между ДНК и белок-синтезирующей машинерией, но и выполняет массу других, регуляторных функций. Достаточно вспомнить про класс микрорегуляторных РНК, которые, сами…
В последнее время учёные начинают склоняться к тому, что падение метеорита стало coup de grace (ударом милосердия) для динозавров, и без того вымиравших под сурдинку меняющегося из-за извержений вулканов климата. Иллюстрация…
Переход от одноклеточной формы организации к многоклеточной в эволюции жизни совершался неоднократно — считается, что около двадцати пяти раз. В связи с этим многие исследователи полагают, что причин у такого…
Эксперименты с участием крыс показали, что эти грызуны умеют соединять причину со следствием и даже обладают некими зачатками воображения, которое заставляет их ожидать вымышленных событий, заявили ученые на ежегодной встрече Сообщества когнитивной нейробиологии в Сан-Франциско. "Мне…
По подсчетам геологов, подводный действующий вулкан Лоихи скоро превратится в остров. Высота вулкана достигла трех километров, до поверхности ему остается всего 980 метров. Вулкан Лоихи Еще 40 лет назад у ученых…
В последние годы специалисты только и делают что составляют генные карты неандертальцев, вымерших приблизительно 30 тыс. лет назад. Выяснилось, что многие из современных людей в некотором роде восходят к неандертальцам и унаследовали…
Чрезмерный вылов рыбы — одна из главных современных проблем, но специалисты стремятся сосредоточить внимание лишь на нескольких хорошо изученных видах вроде лосося и сельди. Текущие оценки охватывают только 20% мировых…
Ученые выяснили, что когда несколько летучих мышей охотятся в одном месте, они предпочитают перекрикивать друг друга вместо того, чтобы использовать разные частоты. Летучие мышиОб этом говорится в статье израильских биологов из…
Туристы стекаются в Национальный парк Петрифайд-Форест в Аризоне, чтобы полюбоваться на большие сверкающие останки окаменелых деревьев. А геологи едут туда в поисках чего-то менее заметного, но обладающего более весомым научным значением: керна,…